这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。

生活在赛博坦星球的擎天柱与威震天，是情同手足的朋友，讲述他们如何从手足变为死敌的起源故事。